Il suo aspetto originale può essere ricostruito grazie a varie fonti iconografiche, come il dipinto di Bernardo Bellotto del 1747, la mappa di Verona di Giuseppe Filosi del 1757 e la carta di Roveda del 1789. Queste mostrano come, sul lungofiume che fronteggia la dogana, fossero presenti diversi abitazioni, che furono demolite nel 1792 per lasciar spazio al progetto di ampliamento della dogana stessa, su progetto di Leonardo Salimbeni e Vincenzo Garofalo. In quell'occasione, infatti, la dogana fu ampliata per includere anche la zona fluviale mediante la realizzazione della cosiddetta "dogana di fiume" (o "dogana d’acqua"), come previsto già da diversi anni. Dopo la realizzazione della dogana fluviale, l'ultimo intervento significativo nell'area fu la realizzazione di due portali rustici lungo la strada che divide la dogana di fiume da quella di terra.

La dogana di fiume smise di svolgere le proprie funzioni già durante la dominazione napoleonica tuttavia, negli anni successivi all'annessione al Regno d'Italia, il fabbricato fu nuovamente adibito a magazzino daziario del Comune, che lo acquistò nel 1892. Durante la seconda guerra mondiale l'edificio non fu colpito dai bombardamenti alleati, ciononostante perse la copertura lignea e il piano intermedio. L'edificio e il molo gradinato furono in seguito concessi in uso all'A.S.D. Canoa Club di Verona, che dal 1965 li utilizza come deposito per canoe e attività sociali.

Il Canoa Club ha fondato nel 2022 il museo della dogana, che attraverso pannelli interattivi, fotografie e oggetti racconta la storia della dogana e dell'Adige.